3D-footprint April 2022 version

Hi,

3D-footprint, our database for the structural analysis of protein-DNA complexes, has been up and running since 2010 (see https://doi.org/10.1093/nar/gkp781). Due to a hardware failure it had been last updated in 2021. Finally we found the time to bring the system up to speed again, now in a Debian environment, and will be releasing new protein-DNA complexes from the PDB quarterly. We will also add the new content to footprintDB.

 

What's new?

• codebase is pretty much the same
• the URL is now https://floresta.eead.csic.es/3dfootprint
• the updated downloadables can be found at https://floresta.eead.csic.es/3dfootprint/download.html
• the original ineractive tool to analyze your own protein-DNA complexes has now been replaced with a Docker container at https://hub.docker.com/r/eeadcsiccompbio/dnaprot
  

 That's all for today,

Bruno

instalación de Grid Engine en servidor multi-core Debian

Hola,

esta es mi primera entrada tras volver a la EEAD-CSIC.

Si hace unos años explicaba en este blog cómo instalar el gestor de colas de cálculo gridengine en un servidor  Ubuntu, esta semana lo actualizo para un servidor multicore con Debian 11:

Instalación de los diferentes componentes gridengine en la misma máquina:

   sudo apt install gridengine-master gridengine-qmon gridengine-exec

Si tuvieras que empezar de cero puedes hacerlo con:

    sudo apt purge gridengine-common
    sudo rm -rf /var/spool/gridengine/spooldb/sge
    sudo apt install gridengine-master gridengine-qmon gridengine-exec

Tras leer esto edité el fichero /etc/hosts así:

   127.0.0.1 localhost.localdomain localhost
   127.0.1.1 master master
   121.xxx.yyy.zzz myhost
 

Ojo que la instalación crea el usuario sgeadmin. Para que tu propio usuario tenga privilegios de administración, crear y configurar una cola llamada all.q deberás hacer los siguiente:  

    sudo -u sgeadmin qconf -am myuser

    # and to a userlist:
    qconf -au myuser users

   # Add a submission host:
   qconf -as myhost

   # Add an execution host, you will be prompted for information about the execution host
   qconf -ae
 
   # Add a new host group:
   qconf -ahgrp @allhosts

   # Add the exec host to the @allhosts list:
   qconf -aattr hostgroup hostlist myhost @allhosts

   # Add and configure queue, set the slots to CPU/cores, check parallel env (pe_list)
   qconf -aq all.q

   # Add the host group to the queue:
   qconf -aattr queue hostlist @allhosts  all.q

   # Allocate slots in this queue:
   qconf -aattr queue slots "[myhost=12]" all.q

Con esto estaría, y puedes comprobarlo con qstat -f o lanzando un trabajo con qsub

Con los siguientes comandos puedes reiniciar los respectivos servicios en Debian:

   sudo systemctl restart gridengine-master.service
   sudo systemctl restart gridengine-exec.service

Hasta pronto,

Bruno