Consultas GraphQL al Protein Data Bank

Hola, 

durante el mantenimiento anual de footprintDB he descubierto que el Protein Data Bank ha cerrado su interfaz de web servicios (WS) https://www.rcsb.org/pages/webservices/rest-fetch .  Leyendo en https://data.rcsb.org/index.html#data-api veo que ahora se pueden hacer consultas REST o GraphQL, y opté por la segunda por aprender un poco.

Hay documentación en https://data.rcsb.org/migration-guide.html#legacy-fetch-api para migrar las consultas WS antiguas a GraphQL. Las nuevas consultas tienen este aspecto:

query={
 entry(entry_id:"9ANT"{
  polymer_entities{
   rcsb_polymer_entity{
    pdbx_description
   }
   rcsb_entity_source_organism{
    scientific_name
   }
   rcsb_polymer_entity_container_identifiers{
    entry_id
    auth_asym_ids
    reference_sequence_identifiers{
     database_accession,
     database_name
    }
   }
  }
  struct{
   title
  }
  rcsb_primary_citation{
   pdbx_database_id_PubMed
  }
 }
}

Y se pueden convertir a una URL como https://data.rcsb.org/graphql?query={entry(entry_id:%229ANT%22){polymer_entities{rcsb_polymer_entity{pdbx_description}rcsb_entity_source_organism{scientific_name},rcsb_polymer_entity_container_identifiers{entry_id,auth_asym_ids,reference_sequence_identifiers{database_accession,database_name}}}struct{title}rcsb_primary_citation{pdbx_database_id_PubMed}}}

 

Si haces click verás que en Chrome o Firefox no obtienes el resultado esperado, con un error:

Invalid character found in the request target. The valid characters are defined in RFC 7230 and RFC 3986

Creo que se debe a un problema del servidor Tomcat del PDB. Sin embargo, sí funciona con wget y así obtienes la salida JSON que puedes procesar con tu lenguaje favorito:

wget 'https://data.rcsb.org/graphql?query={entry(entry_id:%229ANT%22){polymer_entities{rcsb_polymer_entity{pdbx_description}rcsb_entity_source_organism{scientific_name},rcsb_polymer_entity_container_identifiers{entry_id,auth_asym_ids,reference_sequence_identifiers{database_accession,database_name}}}struct{title}rcsb_primary_citation{pdbx_database_id_PubMed}}}' -O-

Hasta pronto,

Bruno