Leyendo FASTQ con CPAN

Buenas,
hace un par de años describía en otra entrada cómo leer de manera eficiente ficheros FASTQ con ayuda de kseq.h. Para ello definí una clase C++ que llamábamos desde Perl5 con Inline::CPP. La entrada de hoy es para contar que se puede hacer lo mismo instalando el módulo Bio::DB::HTS::Kseq desde CPAN, previa instalación en tu sistema de la librería htslib:

$ git clone https://github.com/samtools/htslib.git
$ cd htslib
$ make 
$ sudo make install
$ cd ..
$ sudo cpanm Bio::DB::HTS::Kseq

Ahora podemos escribir código como éste para probarlo:

use strict;
use Bio::DB::HTS::Kseq;

my ($length,$header,$sequence,$quality);

my $kseq = Bio::DB::HTS::Kseq->new("sample18MB.fq.gz");
my $iter = $kseq->iterator();
while(my $r = $iter->next_seq()) {

  ($header,$sequence,$quality) = ($r->name,$r->seq,$r->qual);
  print ">$header\n$sequence\n$quality\n";
}

En mis pruebas con un fichero FASTQ comprimido de 18MB, este código es un 20% más lento que la versión Inline::CPP,
hasta luego,
Bruno