clustal one-liner con parallel

Hola,
hoy comparto un comando que a veces utilizo cuando necesito calcular muchos alineamientos múltiples a partir de una colección de ficheros de secuencias en formato FASTA. Como mi máquina, igual que la de casi todos, tiene amplia RAM y muchos cores, es un trabajo ideal para parallel. Supongamos que los archivos de salida están en la carpeta 'entrada' y queremos guardar los ficheros de salida en la carpeta 'path/to/salida', y que tenemos 20 cores disponibles:

$ mkdir /path/to/salida/

$ cd entrada

$ ls -1 *fasta | parallel --gnu -j 20 ~/soft/clustal-omega-1.2.1/src/clustalo \

--threads=1 -i {} -o /path/to/salida/{} :::

Este comando pondrá a trabajar 20 cores del sistema hasta que todos los archivos FASTA de la carpeta entrada estén alineados, con ganancias de tiempo de ejecución importantes en un experimento con 100 ficheros:

| cores (-j) | time(real) | time(user) | time(sys) |
|   1        | 4m34.440s  | 4m5.180s   | 0m2.168s  |
|  10        | 0m29.358s  | 3m57.768s  | 0m2.400s  |
|  20        | 0m23.248s  | 5m6.204s   | 0m3.364s  |

Un saludo,
Bruno