R one-liners

Hola,
en esta entrada quería compartir unos ejemplos para aprovechar las capacidades del lenguaje R para analizar de manera rápida datos desde el terminal, espoleado por el primero de ellos, que me pasó Carlos Cantalapiedra la semana pasada. Pero vayamos al grano usando como ejemplo un fichero de salida tabular de BLAST, al que llamarmos 'all.blast'.

Receta 1. Tienes un fichero con columnas de números y quieres saber la media de una de ellas, por ejemplo la tercera. Para la la desviación estándar cambia 'mean' por 'sd':

$ cut -f 3 all.blast | Rscript -e 'data=scan(file="stdin"); mean(data)'

Receta 2. Tienes un fichero con columnas de números y quieres calcular un histograma de una de ellas, por ejemplo la tercera:

$ cut -f 3 all.blast | \

Rscript -e 'data=scan(file="stdin"); pdf("hist.pdf");hist(data)' 

Se puede modificar mostrando el PDF creado inmediatamente:

$ cut -f 3 all.blast | \

Rscript -e 'data=scan(file="stdin"); pdf("hist.pdf");hist(data)'; evince hist.pdf 

Receta 3. Tienes un fichero con columnas de números y quieres calcular boxplots con dos de ellas, por ejemplo la primera y la segunda:

cut -f 1,2 all.blast | \

Rscript -e 'd=matrix(scan(file="stdin"),ncol=2); pdf("box.pdf");boxplot(d[,1],d[,2])'

Espero que os sirvan de inspiración,
un saludo,
Bruno