Leyendo archivos comprimidos .gz

Hola,
tras la entrada 'Compresión de secuencias de ADN', que ya utilizaba el módulo estándar Compress::Zlib, en este ejemplo se muestra como leer línea a línea un archivo comprimido con los algoritmos de la librería zlib. En particular este ejemplo lee un archivo FASTA de gran tamaño sin necesidad de descomprimirlo entero.  Lo he probado con éxito en Linux (con el intérprete Perl que viene instalado en Ubuntu 10.04) y también en Windows (con ActiveState Perl).

 use strict;  
 use Compress::Zlib;  
 # http://perldoc.perl.org/Compress/Zlib.html  
   
 my $filename = '/path/to/swissprot.gz';  
 # ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/  
   
 my $gz = gzopen($filename,'rb') ||   
    die "# Cannot open $filename: $gzerrno\n" ;  
 while($gz->gzreadline($_) > 0)   
 {  
   # haz algo con esta linea, guardada en $_, por ejemplo   
   # imprime los identificadores GenBank encontrados  
    if($_ =~ /^>/ && /(gi\|\d+)/){ print "$1\n" }  
 }  
   
 if($gzerrno != Z_STREAM_END)  
 {  
    die "# Error reading from $filename: $gzerrno\n"  
 }  
   
 $gz->gzclose();  

Hasta pronto, Bruno