los que uséis programas de la familia BLAST habitualmente habréis notado que las últimas versiones instalables, que se pueden descargar por FTP, son de la rama nueva de desarrollo Blast+, que tiene algunas nuevas funcionalidades muy interesantes, pero que cambia los nombres de los ejecutables y la forma de pasar argumentos que sabíamos usar.
Sin embargo, los desarrolladores del NCBI ya habían previsto esta transición y acompañan a los nuevos binarios un script Perl, que se llama legacy_blast.pl, que puede ayudarnos a reconvertir código que invoca versiones antiguas de BLAST. Con este programa podemos por ejemplo traducir este comando de la versión 2.2.18, que tiene opciones de filtrado un tanto especiales:
$ blastall -F 'm S' -z 10000 -p blastp -i problema.faa -d bases_datos/seqs.faa
a esta llamada al binario de la versión 2.2.24+:
$ blastp -db bases_datos/seqs.faa -query problema.faa -dbsize 10000 -seg yes -soft_masking true
Por cierto, en mis pruebas veo que el nuevo binario puede aprovechar una base de secuencias formateada con el formatdb antiguo, que ahora se llama makeblastdb.
Un saludo,
Bruno
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