en muchas ocasiones el modelado por homología o comparativo es la única manera que tenemos trabajar con la estructura de una proteína que todavía no está en el Protein Data Bank. De hecho muchos artículos han sido publicados con figuras construidas sobre este tipo de modelos porque ayudan a comprender y poner en contexto tridimensional los resultados.
Interfaz entre dos monómeros modelada por homología, tomada de https://science.sciencemag.org/content/364/6445/1095. |
Sin embargo, casi todas las herramientas que existen para modelar proteínas se han centrado históricamente en modelar dominios de proteína uno a uno, cuando la realidad es que muchas proteínas contienen varios dominios. Precisamente para modelar las conformaciones de este tipo de proteínas ha sido publicado recientemente https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/DEMO.
Diagrama de flujo de DEMO, tomado de https://www.pnas.org/content/116/32/15930. |
Un saludo, Bruno
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