Las plantas, grandes beneficiadas de AlphaFold2

Hola,

hace poco más de un año compartíamos en este blog que las predicciones estructurales de AlphaFold2 estaban ya disponibles para un total de 21 especies en UniProt, incluyendo 4 plantas (Arabidopsis thaliana, soja, arroz y maíz). El artículo donde se describió formalmente es https://doi.org/10.1093/nar/gkab1061

Qué ha pasado en este tiempo? Pues al grupo de Christine Orengo y sus colaboradores les ha dado tiempo a analizar estas 365.184 predicciones en el contexto de su base de datos de plegamientos de proteínas CATH (puedes leer un poco de contexto aquí) y han descubierto varias cosas interesantes:

• las especies que han ganado más anotaciones estructurales de proteínas en proporción son plantas (soja, arroz y maíz)
   

• Tras seleccionar los modelos 3D de AlphaFold2 que consideran de buena calidad (tras eliminar los desordenados por ejemplos), el 92% se pueden asignar a superfamilias ya existentes en CATH. Por tanto, hay indicios de que AlphaFold2 podría haber descubierto nuevos plegamientos. Sin embargo, hará falta más trabajo para confirmarlo.
  
• Los modelos de AlphaFold2 enriquecen de manera significativa (36%) las conformaciones de las superfamilias de plegamientos conocidas en CATH:

 

 

Puedes leer el artículo completo en https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.06.02.494367v1 y una digestión alternativa en Twitter: https://twitter.com/ewanbirney/status/1568970047720235010

Cómo acceder a estos modelos 3D? Ahora mismo lo más fácil es UniProt pero se están integrando también en Ensembl Plants (ver ejemplo).

Hasta pronto,

Bruno