Aplicaciones y limitaciones de AlphaFold2

Hola,

han pasado ya más de 6 meses desde que hablamos aquí de AlphaFold2 (si os fijáis en los comentarios fui pegando artículos relacionados), y entre tanto he ido descubriendo aplicaciones interesantes y una limitación importante. Aquí hablo muy brevemente de ellas.

1. Búsqueda de plegamientos parecidos. Si tienes una estructura o tal vez un modelo de una proteína y quieres saber a qué estructuras conocidas se parece, incluyendo las predicciones de AlphaFold2, puedes hacerlo pegando sus coordenadas en formato PDB en https://search.foldseek.com/search

2. Predicción de resíduos de proteínas que interaccionan con ADN. El algoritmo GraphSite (https://biomed.nscc-gz.cn/apps/GraphSite) es capaz de predecir resíduos de la interfaz proteína-DNA con mayor precisión que cualquier otro método probado en https://doi.org/10.1093/bib/bbab564

3. AlphaFold2 sobreestima el plegamiento de proteínas cortas. En una evaluación reciente contra la colección AntiFam , que contiene proteínas que se cree son errores de anotación, se ha observado que AlphaFold2 tiene una pequeña tendencia (6/131) a dar puntuaciones altas (pLDDT > 80) a secuencias menores de 100 resíduos. Hasta que sepamos más es buena idea ser especialmente cauteloso con secuencias cortas.

Hasta pronto,

Bruno