22 de febrero de 2013

Probando deltablast

Hola,
hace tiempo que tenía pendiente escribir sobre una de las ramas más recientes de la familia de programas BLAST, que se llama deltablast, publicada el año pasado. La lectura del artículo original sugiere que este programa se desarrolló a partir de la publicación del algoritmo CS-BLAST (context specific BLAST).
Pero realmente la historia no comienza aquí.
Todo empezó con el algoritmo PSI-BLAST, una versión iterativa de BLASTP, que en vez comparar una secuencia de proteína contra una librería de secuencias, construye un perfil de la secuencia problema y ése es el que compara contra la librería, ganando en sensibilidad. Todo esto con un coste en tiempo de cálculo modesto.
Qué problema tiene esto? Pues que el perfil se construye en tiempo real con los homólogos encontrados en iteraciones previas de manera automática y en ocasiones se pueden contaminar y producir resultados no idóneos.

(tomada de http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2645910)
CS-BLAST, que en realidad es como un preprocesamiento de BLAST, logró superar estos problemas precalculando los perfiles, que capturan información del contexto, y de hecho mejoró la sensibilidad a la hora de detectar homólogos remotos, que han perdido claramente la similitud de secuencia.

Pues bien, deltablast es un programa del NCBI que se inspira en estas experiencias para superar a capacidad de búsqueda de CS-BLAST, apoyándose en la colección de dominios Conserved Domains Database (CDD):
(tomada de http://www.biology-direct.com/content/7/1/12)
El programa es muy sencillo de usar en la web, aquí os explico como probarlo localmente en vuestra máquina:
1) descarga la última versión de BLAST+ para tu arquitectura de
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST
 
2) descomprime el software en una carpeta, por ejemplo soft/

3) descarga una copia de CDD de ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/cdd_delta.tar.gz

4) descomprime la base de dominios en un carpeta, de nuevo por ejemplo en  soft/

5) elige una colección de secuencias protéicas contra la que buscar, por ejemplo soft/nr.faa y formatéala con:
 $ soft/ncbi-blast-2.2.27+/bin/makeblastdb nr.faa
 
6) Ya puedes buscar una secuencia de proteína, como ejemplo.faa, contra tu colección de secuencias:
$ soft/ncbi-blast-2.2.27+/bin/deltablast -query ejemplo.faa -db soft/nr.faa -rpsdb soft/cdd_delta

7) Puedes utilizar prácticamente los mismos parámetros que con BLASTP, que puedes consultar haciendo:
$ soft/ncbi-blast-2.2.27+/bin/deltablast -help

Suerte!
Bruno

1 comentario:

  1. brunocontreras13 de febrero de 2017, 13:10

    Recientemente hemos vuelto a probarlo de esta manera:

    $ ncbi-blast-2.6.0+/bin/deltablast -num_threads 2 -query input.faa \
    -db uniprot_sprot.fasta -rpsdb db/cdd_delta -num_iterations 1 \
    -show_domain_hits -outfmt "6 std stitle"

    Y hemos aprendido a extraer de esta manera las ricas descripciones funcionales de cada dominio anotado en CDD (stitle). Por otro lado, si sólo te interesa la anotación de dominios, es posible usar como -db un fichero con una sola secuencia para acelerar las búsquedas

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