Hola,
ya hemos hablado antes en este blog de las crecientes aplicaciones de los algoritmos de compresión en la bioinformática. Hoy precisamente quería enlazar a dos artículos recientes que los explotan para acelerar algo que a priori parece imposible, la herramienta más universal de la biología computacional, BLAST.
En un paper en Nature Biotech, Loh, Maym y Berger nos presentan el prototipo Compression-accelerated BLAST (fuente C++ aquí), que en pruebas empíricas acelera varios órdenes de magnitud las búsquedas de BLAST simplemente haciendo las operaciones en un espacio comprimido. Como ventaja añadida se generan archivos de resultados de tamaños significativamente menores. Obviamente pagamos una pequeña pérdida de sensibilidad, pero puede ser perfectamente asumible para tareas de mapeo de lecturas (reads) de secuenciación de última generación:
En otro paper recientemente publicado en Bioinformatics, Koskinen y Holm, aplican el marco de los vectores de sufijos (ya discutidos aquí) a la búsqueda de proteínas homólogas con una identidad superior al 50%, acelerando de nuevo varias órdenes de magnitud por encima de BLAST.ya hemos hablado antes en este blog de las crecientes aplicaciones de los algoritmos de compresión en la bioinformática. Hoy precisamente quería enlazar a dos artículos recientes que los explotan para acelerar algo que a priori parece imposible, la herramienta más universal de la biología computacional, BLAST.
En un paper en Nature Biotech, Loh, Maym y Berger nos presentan el prototipo Compression-accelerated BLAST (fuente C++ aquí), que en pruebas empíricas acelera varios órdenes de magnitud las búsquedas de BLAST simplemente haciendo las operaciones en un espacio comprimido. Como ventaja añadida se generan archivos de resultados de tamaños significativamente menores. Obviamente pagamos una pequeña pérdida de sensibilidad, pero puede ser perfectamente asumible para tareas de mapeo de lecturas (reads) de secuenciación de última generación:
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| Original de http://www.nature.com/nbt/journal/v30/n7/full/nbt.2241.html. |
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| Familias de algoritmos para la búsqueda inexacta de secuencias, según Koskinen y Hol (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/18/i438.full). |
un saludo,
Bruno
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