Adiós a ClustalW

Hola,
en esta entrada quería enterrar al ya vetusto ClustalW, el programa de alineamiento múltiple más citado de la historia. En realidad lo acaban de enterrar sus propios autores en este artículo, donde presentan a su sucesor Clustal Omega. Como es habitual en Bioinformática, los autores ponen a prueba el nuevo programa de alineamiento comparándolo con las principales opciones de software disponibles, incluyendo al viejo ClustalW. Las comparaciones son bastante extensas, usando hasta 3 baterías de alineamientos, como son BALiBASE y HomFam (creadas por el entorno de Clustal) y Prefab, creada por el autor de MUSCLE, Robert Edgar. En la siguiente tabla, abreviada de la original, se muestran los resultados promediados sobre el conjunto BALiBASE de 218 familias de proteínas:

Aligner	Av score (218 families)							Tot time (s)
MSAprobs	0.607							12 382.00
Probalign	0.589							10 095.20
MAFFT (auto)	0.588							1475.40
Probcons	0.558							13 086.30
Clustal Ω	0.554							539.91
T-Coffee	0.551							81 041.50
Kalign	0.501							21.88
MUSCLE	0.475							789.57
MAFFT (default)	0.458							68.24
FSA	0.419							53 648.10
Dialign	0.415							3977.44
PRANK	0.376							128 355.00
ClustalW	0.374							766.47

En cuanto a poder decir si efectivamente Clustal Omega es el mejor alineador disponible en la actualidad habrá que esperar el veredicto de la comunidad y ver qué le parecen a Rober Edgar los parámetros de MUSCLE que se usaron en las pruebas, pero no parece superar en precisión a MAFFT en modo automático.
Sin embargo, las tablas del artículo (1 , 2 , 3) muestran que la inclusión de modelos ocultos de Markov (HMMs) y árboles guía mBed produce alineamientos de mucha mayor calidad (y en menor tiempo) que ClustalW, que es más lento para producir peores alineamientos. Clustal Omega puede alinear conjuntos de miles de secuencias, pero por el momento, sólo de aminoácidos, por lo que talvez sigamos usando ClustalW o MAFFT para alinear nucleótidos, no?

Por cierto, al compilar el código fuente de http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.0.3.tar.gz en mi Ubuntu 10.04 tuve que instalar el paquete libargtable2-dev , un saludo,
Bruno