en las noticias llevamos una semana escuchando hablar de la que parece una nueva cepa patógena de Escherichia coli, la cepa enterohemorrágica O104:H4, que ha causado ya varias muertes en Alemania. En los medios ha habido cierta confusión a la hora de divulgar sobre este tema, pero en Internet ya es posible encontrar buenas referencias, como por ejemplo este blog al que me redirigió mi colega Pablo Vinuesa.
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| Árbol pangenómico de E.coli y especies relacionadas, basado en su contenido génico. Tomado de http://www.springerlink.com/content/kk08p747348hq301/fulltext.html. |
Como ejemplo de lo rápido que han ido la cosas me gustaría recordar que las primeras noticias alertando sobre esta nueva cepa aparecieron en la última semana de Mayo y que el día 2 de Junio ya estaba disponible para descarga una primera versión de su secuencia genómica ensamblada, obtenida en el BGI (antiguo Beijing Genomics Institute). Ahora mismo hay disponibles un archivo con los contigs encontrados y las lecturas originales en formato FASTQ (aquí tienes un ejemplo), pero mr imagino que se irán actualizando los contenidos en los próximos días. Tal como se relata aquí y aquí, la secuencia ensamblada y experimentos de multilocus sequence typing sugieren que efectivamente se trata de una cepa nueva,
un saludo,
Bruno
PD Iré anadiendo aquí más enlaces sobre este tema:
1) http://scienceblogs.com/mikethemadbiologist/2011/06/i_dont_think_the_german_e_coli.php
2) https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki
3) http://eterno-bucle.blogspot.com/2011/06/ensamble-de-cepa-de-e-coli-que-esta.html
4) http://enews.patricbrc.org/1172/e-coli-outbreak-new-comprehensive-comparisons
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