6 de abril de 2016

Calculando experimentos de secuenciación

Buenas,
hoy necesitábamos calcular cuántos individuos (de una especie monocotiledónea) podríamos secuenciar con cierta profundidad en un secuenciador Illumina, pensando en el HiSeq2500 en concreto. Al final decidimos apostar por una profundidad promedio de 80x, para is sobre seguro, usando parejas de lecturas de 2x125b. Buscando en Internet encontré rápidamente una calculadora del propio fabricante que igual algunos no conocéis y puede ayudar a hacer esto rápidamente.

Figura tomada de http://www.danielecook.com/calculate-depth-coverage-bam-file.


Vayamos con un ejemplo con la calculadora
[ http://support.illumina.com/downloads/sequencing_coverage_calculator.html ]:

0. tipo de secuenciación: DNA             [se puede elegir RNA también]
1. protocolo: whole-genome sequencing  [otras: Nextera, Truseq, custom]
2. tamaño del genoma: 320Mbp
3. profundidad deseada: 80x
4. % de duplicados: 2%                [valor por defecto]
5. instrumento: HiSeq 1500/2500

Volumen total de secuenciación requerido: 26,1Gb   [26.122.448.980b]

En mi ejemplo, usando el protocolo v4, esto equivale a 0.42 líneas o lanes, lo que significa que podría poner hasta 2 muestras por línea.

Hasta luego,
Bruno

PD Me dicen mis colegas Dave Des Marais y Pat Edger que la longitud de un genoma (de plantas en este caso)  puede estimarse aproximadamente a partir del contenido en DNA del núclo usando la fórmula long = 1C * 980.

1 comentario:

  1. http://www.biotech.cornell.edu/brc/genomics/services/price-list

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